gromacs 5'i yüklemeye çalıştım.1.1 homebrew aracılığıyla, tüm komutlar bulunamadı

1. Gromacs'ın en son sürümünü nasıl kurarım?
2. Gromacs'ı nasıl indirip kurarım?
3. Gromacs'ı Windows 10'a nasıl kurarım?
4. Linux'ta Gromacs'ı nasıl çalıştırırım?
5. Gromacs'ın en son sürümü nedir??
6. Gromacs sürümünü nasıl kontrol ederim?
7. Gromacs'ı nasıl kurarım?
8. Cmake'i nasıl indirip kurarım?
9. GPU destekli Gromacs'ı nasıl kurarım?
10. Linux'ta Gromacs'ı nasıl indiririm?
11. Gromacs'ı nasıl kullanıyorsunuz??
12. Gromacs Linux nasıl kaldırılır?

Gromacs'ın en son sürümünü nasıl kurarım?

Alternatif olarak, GROMACS regresyon test paketini indirebilir ve paketini açabilirsiniz https://ftp.gromaclar.org/regresyontestleri/regresyontestleri-2021.2.katran.gz tarball'ı kendiniz açın ve daha sonra test için kullanılacak olan paketlenmemiş tarball'ın yolunu belirtmek için REGRESSIONTEST_PATH gelişmiş cmake seçeneğini kullanın.

Gromacs'ı nasıl indirip kurarım?

Alternatif olarak, GROMACS regresyon test paketini indirebilir ve paketini açabilirsiniz http://gerrit.gromaclar.org/download/regresyon testleri-2020.katran.gz tarball'ı kendiniz açın ve daha sonra test için kullanılacak olan paketlenmemiş tarball'ın yolunu belirtmek için REGRESSIONTEST_PATH gelişmiş cmake seçeneğini kullanın.

Gromacs'ı Windows 10'a nasıl kurarım?

prosedür

1. GROMACS kaynak kodunu indirin ve sıkıştırılmış dosyayı bir yerden açın.
2. CMake GUI'yi çalıştırın.
3. Kaynak kodu dizinini "Kaynak kodu nerede" bölümünde ayarlayın ...
4. Yerleşik GROMACS'ı "İkili dosyaların nerede oluşturulacağı" bölümüne yerleştirmek için farklı bir konum belirleyin ...
5. Yapılandır'ı tıklayın. ...
6. FFTW'yi bulamadığı için Configure duracak.

Linux'ta Gromacs'ı nasıl çalıştırırım?

Giriş dosyasını çalıştırın (.

Sonraki adım, bir çalıştırma girdi dosyası (tpr uzantısı) oluşturmak için moleküler yapıyı (gro dosyası), topolojiyi (en üstteki dosya) MD parametrelerini (mdp dosyası) ve (isteğe bağlı olarak) dizin dosyasını (ndx) birleştirmektir. Bu dosya, GROMACS ile bir simülasyon başlatmak için gereken tüm bilgileri içerir.

Gromacs'ın en son sürümü nedir??

GROMACS

Gromacs sürümünü nasıl kontrol ederim?

Gerekli tüm bilgileri öğreneceğiniz terminale "pdb2gmx" yazmanız yeterlidir.

Gromacs'ı nasıl kurarım?

Alternatif olarak, GROMACS regresyon test paketini indirebilir ve paketini açabilirsiniz http://gerrit.gromaclar.org/download/regresyon testleri-5.1.4.katran.gz tarball'ı kendiniz açın ve daha sonra test için kullanılacak olan paketlenmemiş tarball'ın yolunu belirtmek için REGRESSIONTEST_PATH gelişmiş cmake seçeneğini kullanın.

Cmake'i nasıl indirip kurarım?

II- CMake Kurulumu

Windows'u indirin (WIN32 yükleyici). cmake-version-win32-x86 adlı bir dosya alacaksınız.exe. Çalıştırın ve yükleme işlemini takip edin. Sistem PATH seçeneğine CMake ekle'yi seçtiğinizden emin olun.

GPU destekli Gromacs'ı nasıl kurarım?

CUDA araç setini indirme

Şimdi buradan sisteminize göre CUDA araç setinin en son sürümünü seçin. Aşağıdaki komutu kullanarak yerel çalıştırma dosyasını indirin. Çalıştırma dosyası, kurulacak her temel bileşeni içerir. Yükleyiciyi indirmek istediğiniz dizine geçin.

Linux'ta Gromacs'ı nasıl indiririm?

1. Başlarken. Ubuntu'yu yeni yüklediyseniz, sisteminizdeki depo bilgilerini ve yazılım paketlerinizi güncellemeyi unutmayın. ...
2. Kurulum. Gromacs'ı kurmanın ilk adımı cmake almaktır, Terminalde şunu yazın: sudo apt-get install cmake. ...
3. Kolay Yöntem. ...
4. Düzenli Kurulum.

Gromacs'ı nasıl kullanıyorsunuz??

GROMACS ilk kurulum aracı, MD simülasyonu için gerekli olacak üç dosya oluşturmak için PDB girişini kullanır.
...
Kurulum

1. bir 'topoloji' dosyası oluşturun.
2. bir simülasyon kutusunda (birim hücre) ortalanmış yapı ile bir PDB protein yapısını bir GRO dosyasına dönüştürmek
3. bir konum kısıtlama dosyası oluşturun.

Gromacs Linux nasıl kaldırılır?

Bu paketi kaldırmak için apt komutunu kolayca kullanabilir ve paketi Linux İşletim Sisteminden kaldırabilirsiniz. Bu, sistemde artık ihtiyaç duyulmayan gromacs ve tüm bağımlı paketlerini kaldıracaktır. Yukarıdaki komut, gromacs paketiyle ilişkili tüm yapılandırma dosyalarını ve verileri kaldıracaktır.